新疆大学科技园有限责任公司严格按照《公司法》运做，由新疆大学、新疆生产力促进中心、乌鲁木齐高新技术产业开发区建设总公司、新疆美林正大投资有限公司、新疆美安石油化工有限公司、新疆天桥广告有限公司共同出资组建。其中新疆大学投入货币资金600万元占总股份的27%，为公司第一大股东，乌鲁木齐高新技术产业开发区作为主要股东参与科技园建设和管理。公司设立7人的董事会，3-5人的监事会，设监事长一名，任期三年可连选连任，由新疆大学委派董事长1名，常务副董事长1名，总经理班子由董事会任命，设总经理1名，副总经理1-2名，总工程师、总会计师各1名。公司独立经营、自负盈亏、风险共担。

      科技园项目来源是开放式的，即可以是高校内项目，也可以是来自社会上的高科技项目。项目筛选由新疆大学科技园有限责任公司聘请专家和教授组成专家评审组，进行严格、科学地可行性论证，经董事会批准后对项目进行孵化，孵化的项目将采取开发式管理和股份制运做，采取积极措施广泛吸纳社会资金进行高科技风险投资，吸引社会上技术和经营人才积极参与。

     为了积极配合科技园的孵化工作，新疆大学校方将北区东院三栋欧式风格二层楼无偿提供给科技园做为孵化基地。科技园自己出资100多万元对孵化场地进行了内外部装修，楼内铺设木地板、宽带接入，为园区企业创造了一个优美、舒适、温馨的办公环境.

    作为乌鲁木齐国家高新技术产业开发区的区外园，科技园享受高新区内一切优惠政策。同时高新区行使新疆大学国家大学科技园的政府管理职能，园区的土地、财政、税收、工商和建设规划管理由高新技术产业开发区相关部门负责。